1月22日 李宗仁上台,立即与行政院长孙科发生“府院之争”。孙科在蒋介石的支持下,无视李宗仁的命令,将行政院内阁搬至广州。李宗仁力争,最终孙科被迫于3月辞职,行政院长一职改由何应钦担任。而以张治中为首的六人谈判团,亦得于4月抵达北平,与共产党展开谈判。
和谈的结果以失败告终。据后来的资料显示,当时南京的设想,是政治上由国共两党组成联合政府,军事上则由两军各自划江而治,解放军不渡过长江。而这一点显然很难被已经取得绝对军事优势的共产党赞同;加之共产党要求“惩办战犯”的条件显然对以蒋介石、李宗仁等为首的国民党高层领导人不利,是故李宗仁曾先后赞成、反对惩办战犯,立场不一。因此和谈决议最终被蒋介石以国民党总裁身份否决,李宗仁也不愿接受,和谈最终宣告破裂。4月20日,共产党领导人毛泽东向解放军发出向全国进军的命令,并于同日渡过长江。4月23日,解放军攻占南京,国民政府迁往广州。李宗仁先飞往桂林,再在5月8日飞往广州,并且发表讲话,表示将“决心戡乱到底”。
之后不久,解放军在很短时间内席卷全国,多处国民党军队和政府纷纷投诚。5月20日,行政院长何应钦辞职,行政院长职务由阎锡山接任。10月1日,毛泽东在北京的天安门城楼宣告中华人民共和国中央人民政府成立。10月13日,解放军兵临广州,李宗仁只得飞往重庆。11月16日,李宗仁胃病复发,出现十二指肠出血,遂于11月20日以治病为由转往香港,并将中枢军政交由阎锡山主持,12月5日,与夫人郭德洁,两名儿子及随从又从香港逃亡飞往美国纽约就医。
1954年3月,中华民国国民大会通过监察院对李宗仁的弹劾,罢免了李宗仁的副总统职务。1955年,李宗仁在美国发表对《台湾问题的具体建议》,除批评蒋介石外,亦提出重开国共会谈。
晚年
1956年 4月到1965年6月 十年间,先后五次派程思远到北京,晋谒周恩来总理,为回归祖国大陆作准备。

1965年2月,李宗仁妻子郭德洁被诊断患上末期乳癌。同年7月,在程思远的安排下,李宗仁与郭德洁从美国经瑞士、中东冲破重重险阻回到北京,受到热烈欢迎。7月20日从美国回到北京,在机场发表声明,决定为完成国家最后统一做出贡献。随后被安排被毛泽东及其他国家领导人接见,并登上天安门城楼欣赏北京景色。

李宗仁先后有三名妻子。第一位妻子李秀文,是李宗仁20岁时父母包办下迎娶的,第二位妻子郭德洁,是李宗仁35岁时娶的“平妻”,1966年3月于北京病逝。第三任妻子是1968年,李宗仁78岁时娶的影后胡蝶之女、26岁女护士胡友松。

1969年 1月30日 因肺炎在北京逝世。
李宗仁故居坐落在距桂林市约30公里的临桂县两江镇浪头村。
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